pediatrzy ostrów wlkp

W drugim podejściu, wychwytywanie cDNA przeprowadza się z nowotworowego RNA i porównuje z normalnym DNA, aby dostarczyć listę zmutowanych peptydów. Ze względu na poziom błędu odwrotnej transkryptazy i źródła fałszywej pozytywności w wariancie wywoływania w RNA w stosunku do DNA, przewidywane mutacje są dalej ulepszane przez zastosowanie serii filtrów w celu usunięcia znanych źródeł wariantów fałszywie pozytywnych (np. Niski zasięg w guzie lub normalna lub mała liczba odczytów zawierających wariant) oraz w celu wyeliminowania nieagresywnych genów i / lub alleli. Ostateczny filtr eliminuje geny o niskiej ekspresji, które mają fragment na kilobaz miliona mapowanych odczytów (FPKM) mniejszy niż jeden. Dalsze etapy prognozowania immunogenności można następnie wykonać dla tego przefiltrowanego zestawu zmutowanych peptydów. Istnieją dodatkowe algorytmy do udoskonalenia prognoz epitopów, w tym te, które koncentrują się na zdefiniowaniu rozkładu proteasomów (tj. NetChop) (80) i / lub transportu TAP (tj. NetCTL i NetCTLpan) (81, 82). Ponieważ jednak te ostatnie nie są obecnie tak niezawodne, jak algorytmy przewidywania powinowactwa MHC, należy je stosować ostrożnie. W przeciwieństwie do przewidywania epitopów MHCI, dokładność przewidywania epitopów MHCII była problematyczna. Podczas gdy rowek wiążący MHCI jest zamknięty na obu końcach, MHCII ma otwarty rowek wiążący peptyd, co prowadzi do znacznej zmienności zarówno długości peptydów, które mogą wiązać się z MHCII, jak i lokalizacji wiążącego rdzenia. Dostępne są liczne algorytmy przewidywania wiązania MHCII (takie jak TEPITOPE, odniesienie 83, netMHCII, pozycja 84 i SMM-wyrównanie, pozycja 85); jednak nie były one szeroko stosowane w przeszłości w celu identyfikacji epitopów MHCII zmutowanych swoistych dla guza. Najnowsze badania przedkliniczne ilustrujące zastosowanie spersonalizowanych TSA w neoepitopach MHCI do immunoterapii. Dwa ostatnie badania przedkliniczne wykazały możliwość opracowania spersonalizowanych immunoterapii nowotworów opartych na neoantygenach. Stosując kombinację spektrometrii mas, sekwencjonowania nowej generacji i podejść bioinformatycznych, Yadav, Lill, Delamarre i współpracownicy zidentyfikowali siedem zmutowanych neoepitopów związanych z MHCI eksprymowanych na komórkach gruczolakoraka okrężnicy MC38 (78). Dwa z silniejszych epitopów wiążących H-2Dbp, pochodzących od mutacji punktowych Reps1 i Adpgk, wywołały specyficzne dla antygenu odpowiedzi komórek T CD8 + u naiwnych syngenicznych myszy WT, gdy podawano je razem z polioksyną: kwasem policytydowym (poli I: C) i agonistycznym antygenem. -CD40. Jeden epitop H-2Kb, pochodzący z mutacji punktowej Dpagt1, również indukował słabą odpowiedź limfocytów T. Szczepionki terapeutyczne zawierające syntetyczne długie peptydy (SLP) zawierające trzy pozytywne epitopy dostarczyły myszy mających ustalone guzy MC38 o znacznym stopniu ochrony terapeutycznej. Niezależne badanie opublikowane równolegle przez naszą grupę przyjęło podejście polegające na określeniu swoistości antygenu nowotworowego limfocytów T CD8 + odpowiedzialnych za odrzucanie guzów u myszy poddawanych immunoterapii blokującej punkty kontrolne (77). W tym badaniu użyliśmy zmodyfikowanej linii mięsaka MCA mięsaka (T3), która uformowała stopniowo rosnące guzy u naiwnych syngenicznych myszy WT, które zostały odrzucone po leczeniu mAb specyficznym dla dwóch różnych punktów kontrolnych odporności. CTLA-4 i zaprogramowana śmierć-1 (PD-1) (ryc. 1). Jak oceniano przez cDNA . Cap-Seq i ostatnio udoskonalone mutacje wywołujące, T3 wyrażał około 2200 niesynonimowych mutacji punktowych. Domniemane epitopy były przewidywane przy użyciu trzech algorytmów wiązania MHCI (SMM, NetMHC i NetMHCpan) i obliczania mediany powinowactwa wiązania dla każdego epitopu. Dodatkowo zastosowaliśmy filtry do przetwarzania proteasomalnego (NetChop), neoepitopy (tj. Gdy zmutowany epitop wiąże się z MHCI w sposób równy lub większy niż sekwencja WT) i depriorytacja hipotetycznych białek
[przypisy: operacja kręgosłupa szyjnego, odleżyny leczenie, olej z wiesiolka ]