witaminy dobre dla skóry

Podobnie do testów opartych na DNA przy użyciu MPS, RNA z nowotworów można analizować przez konwersję do cDNA i skonstruowanie biblioteki odpowiedniej do sekwencjonowania. Ponieważ genom jest duży (3 miliardy par zasad) i jego kompleks analityczny, pojawienie się technologii hybrydowego wychwytywania pozwoliło badaczom skupić się tylko na 1% genomu, który zawiera kodujące egzony znanych genów (tj. .) (54-56). Tutaj sondy zaprojektowane do wiązania sekwencji egzonowych genów z adnotacjami są syntetyzowane, biotynylowane i hybrydyzowane w roztworze z fragmentowaną biblioteką całego genomu. Związane z sondą fragmenty biblioteki są następnie wychwytywane i izolowane przy użyciu perełek magnetycznych powlekanych streptawidyną. Po uwolnieniu z kulek przez denaturację fragmenty biblioteki są amplifikowane, określane ilościowo i sekwencjonowane. Przechwytywanie Exome może być stosowane w warunkach klinicznych, ale wyzwania obejmują (a) uzyskiwanie informacji w klinicznie istotnych ramach czasowych, (b) małe ilości DNA / RNA dostępne z rdzenia procedury biopsji, (c) konserwowanie tkanek w formalinie i parafinę (zatopioną w formalinie zatopioną w parafinie [FFPE]), która promuje degradację kwasów nukleinowych poprzez sieciowanie szkieletowe, i (d) interpretację danych. Ostatnie innowacje techniczne skróciły czas takiego podejścia z około jednego tygodnia do około dwóch godzin dla przechwytywania hybrydowego. Obecnie możliwe jest generowanie danych wychwytujących exome i tworzenie listy mutacji somatycznych w ciągu około trzech dni. Hybrydowy wychwyt zwiększa również jakość danych sekwencjonowania uzyskanych z sekwencjonowania nowotworowego RNA (cDNA), szczególnie w przypadku próbek o niskiej wydajności i / lub FFPE (57). Wykrywanie mutacji somatycznych. Wywołania mutacji z danych sekwencjonowania exome-capture uzyskuje się przez wyrównywanie odczytów sekwencji do referencyjnych genomów, które służą jako podstawa do analizy krótkich długości odczytu (~ 100 bp) wytwarzanych przez platformy MPS. Po zrównaniu odczytów z genomem, warianty identyfikuje się za pomocą kilku algorytmów interpretujących różne typy mutacji, w tym mutacje punktowe (lub pojedyncze warianty nukleotydów [SNV]) i skupione warianty insercji lub delecji (indele). Wywołania wariantu nowotworowego są następnie porównywane z danymi z dopasowanego normalnego DNA tkankowego otrzymanego przy użyciu podobnego odczynnika wychwytującego w celu identyfikacji mutacji unikalnych dla guza (somatyczne a). Kolejne etapy opisu przekształcają zmiany w sekwencji kwasu nukleinowego w zmiany w sekwencji aminokwasowej, dostarczając w ten sposób początkowe dane wymagane do identyfikacji i uszeregowania neoantygenów nowotworu. Jednym z aspektów tego procesu, który wymaga dalszej pracy, jest zdolność przewidywania neoantygenów wynikających z bardziej ekstremalnych. mutacje. Zasadniczo, warianty, które dodają lub usuwają aminokwas lub obcinają lub przedłużają otwarte ramki odczytu lub geny fuzyjne powstałe w wyniku translokacji lub inwersji mogą być źródłem wysoce antygenowych nowych epitopów; jednak w przeszłości warianty indelu były trudne do wykrycia z dużą pewnością, nawet jeśli zastosowano algorytmy specjalnie dostosowane do wykrywania tego typu mutacji. Jednak ostatnie postępy pozwalają obecnie na identyfikację niektórych indeli z dość wysokim stopniem pewności, chociaż indele zawierające wysoce powtarzalne regiony nadal stanowią trudność. Również warianty strukturalne są trudne do zidentyfikowania, szczególnie z danych pochodzących z pozyskiwania exo, a zatem nie można ich łatwo wykryć, chyba że dane z sekwencjonowania RNA (RNA-Seq) można oceniać dla transkryptów fuzyjnych (które mają wysoki współczynnik fałszywie-pozytywny) . We wszystkich przypadkach krytyczne znaczenie ma wykorzystanie danych RNA z sekwencjonowania wychwytującego cDNA (cDNA Cap-Seq) lub RNA-Seq w celu identyfikacji i / lub potwierdzenia takich wariantów. Przewidywanie neoepitopów nowotworowych. Obecnie najbardziej użytecznymi algorytmami przewidywania epitopów są te, które koncentrują się na wiązaniu peptydów z cząsteczkami MHC klasy I (MHCI)
[przypisy: olx maków maz, olej z nasion wiesiołka, olejek z wiesiołka ]